對于大多數私營企業(yè)、或者國企，臺灣商務簽證的簽注要么是Y簽注，要么是F簽注。

Y簽注：持國臺辦、區(qū)臺辦同意赴臺灣地區(qū)批件赴臺進行經濟、文化、科技、體育、學術、合作研究等交流活動或者參見會議、進行兩岸事務性商談、采訪。

F簽注：持當地臺辦務辦公室經濟局“關于應邀往來臺灣立項批復”赴臺進行經貿、交流活動。

C簽注：僅限于執(zhí)行兩岸直航航運任務的人員。

通行證上商務簽注辦理流程：

第一步：申請商務赴臺人員先辦理好臺灣移民署簽發(fā)的商務入臺許可證；

第二步：帶著入臺證、臺灣邀請函、行程表、邀請公司簡介以及本人單位的營業(yè)執(zhí)照、在職證明等資料到企業(yè)注冊地臺辦申請批文；

最后一步：臺辦批文+入臺證到公安局出入境辦理臺灣通行證以及Y簽注；