福澳港是搭乘北竿、東引、莒光之交通工具，及東引與基隆往來之臺馬輪。為南竿島主要的海上門戶。

福澳港，當地人都稱作福沃港，是南竿出航必經的碼頭，無論是前往東莒、北竿的閩珠2號、吉順8號；或者是搭乘至臺灣本島的臺馬之星，都必須來此處搭船。許多游客前往馬祖會選擇搭飛機，但如遇到四、五月霧季，飛機常常停飛，不妨考慮至基隆港搭乘臺馬之星前往馬祖，船上設施完備，除了有簡單的販賣部滿足餐飲需求，還有電影院能免費看電影。此外，如果和行動不便的家人一同出游，還可以將車輛運至船上，連人一同上下船，滿足南竿游玩時交通的需求。

福澳港交通：從臺北有立榮航空飛機，一天七班，因常客滿，必須即早訂位。四、五月霧季班機易有延誤之狀況。另有從基隆出發的臺馬輪，到馬祖約八小時，除星期一外，每日皆有航班。

離島航線部分，從南竿到北竿搭船只要十幾分鐘，到莒光是一小時，到東引則為兩小時。值得注意的是，冬季渡船常因風浪太大而停開，欲前往離島，最好先向船公司洽詢船期，以免旅程延誤。另有直昇機前往離島，不受天候影響，但一天只有一個班次。