新港原屬笨港范圍，開發甚早，在清乾隆時期是臺灣的重要港口，所以這里的居民為了祈求航運及商運，便建造了水仙宮、笨港天后宮及協天宮三座大廟。 當中的水仙宮創建於乾隆4年（1739），原址位於九莊笨港街上，由于十分簡陋，所以乾隆45年（1780），貢生林開周便倡議募資重建。嘉慶8年（1803），北港溪泛濫，沖毀笨港市區及三座大廟。所幸到了嘉慶19年（1814），民眾、匠師利用部分尋獲的建材重建於現址，規模有兩個大殿和左右廂房。道光28年（1848），再增建後殿，以附祀原本協天宮供奉的關帝圣君。這次后殿增建捐獻者的行號、船號、姓名以及各種開支項目，還詳細記載於前殿的墻上石碑。 一百年后，1948年水仙宮才又進行一次整建。最近的古蹟主體修護工程，是在1992年所完成。

建筑簡介： 走進新港水仙宮，會經過四個主要大殿；最外是前殿(三川殿)，隔著中庭是拜殿和供奉大禹(水仙尊王)的正殿，最里面的後殿則供奉著關公(關圣帝君)的神像。各個大殿寬度都是三個柱距的面寬，左右側以走廊前後連通。 水仙宮屬于保護古跡，受到重視及保護的原因有：歷史悠久達200多年；而且由於經歷大水和地震，修建了很多次，所以在廟中可以看到清領乾隆、嘉慶、道光及二戰後初期加入修建的部位。水仙宮的雕梁畫棟和巧妙的木造結構上也是少見的傳統建筑珍品。值得一提的是，在臺灣奉祀水仙的風氣遠不如媽祖信仰興盛，所以只有最初移民開發的港口地區，如新港、臺南及澎湖才有建廟，因此臺灣最有規模的三大水仙宮也位在這三處。

建筑特色： 在水仙宮中只要抬頭一望，就可以看到相當豐富的木雕和彩繪，尤其是木雕題材除了常見的鰲魚(龍頭魚身)、獅子、鳳凰、花鳥外，較罕見的是大象和龍。此外，水仙宮前殿屋頂的建筑力學原理也非常巧妙，利用了蹺蹺板的杠桿原理來支撐屋檐中央的重量，這種設計在臺灣也很少見。 本廟還擁有臺南名家陳玉峰繪制的壁畫和門神，亦值得欣賞。