清道光19年（1839）日茂行林家及地方士紳自泉州永寧（鰲城）恭請(qǐng)城隍至鹿港建廟，由于永寧城隍廟稱為鰲亭宮，鹿港城隍廟亦沿用祖廟鰲亭宮為廟名。正殿主祀城隍，城隍受封為忠佑侯，神龕上方燮理陰陽(yáng)匾，訴說城隍爺職責(zé)掌管陰陽(yáng)兩界。

清道光28年（1848）彰化、鹿港地區(qū)發(fā)生地震，城隍廟嚴(yán)重受損，遂由地方士紳倡議重修，道光30年（1850）完成修護(hù)。目前，廟內(nèi)右側(cè)墻面有一塊重修鹿港城隍廟碑，是當(dāng)時(shí)重修廟宇時(shí)，官員、船戶、鋪戶、郊商的捐題緣金碑，是城隍廟的重要史料。鹿港于1933年實(shí)施市區(qū)改正，拆除鹿港不見天街，鹿港城隍廟的廟埕、三川殿均遭拆毀，僅存拜殿、正殿及后殿。

1995年此次修復(fù)，三川殿木門屏窗堵雕刻，是薪傳獎(jiǎng)施鎮(zhèn)洋的作品，極具藝術(shù)價(jià)值。

城隍廟為二進(jìn)一院的建筑，分別為三川殿、正殿與后殿。城隍廟內(nèi)有一面算盤與銅鏡，象征城隍爺以算盤算計(jì)士民在陽(yáng)世的功過，銅鏡則有善惡分明之意。