早期的木柵地區(qū)由于地處臺(tái)北盆地內(nèi)地且交通不便，故傳教工作未能順利進(jìn)行。約莫在清光緒元年(1875年)指南山區(qū)茶農(nóng)張迺鴻途經(jīng)新店附近，適逢馬偕博士(偕叡理牧師)正在布道，其中圣經(jīng)上馬太福音十一章二十八節(jié)中：來吧！所有勞苦、背負(fù)重?fù)?dān)的人都到我這里來！我要使你們得到安息。，因?yàn)閺堔書櫧?jīng)常挑重?fù)?dān)所以這句話深深吸引了他。從此他開始信主并每逢主日和妻子到新店教會(huì)做禮拜，后來張迺鴻于光緒4年(1878年)亦成為新店教會(huì)長(zhǎng)老。

由于新店教會(huì)路途遙遠(yuǎn)，于是張迺鴻于光緒17年(1891年)8月在指南村渡船頭(政大渡賢橋附近)成立內(nèi)湖教會(huì)(新店教會(huì)的支會(huì))。日據(jù)時(shí)期明治30年(1897年)張等人(注)以三十元在開元街購得現(xiàn)址并于次年4月30日完成獻(xiàn)堂，取名木柵教會(huì)。

1954年4月17日正式升格為堂會(huì)，之后由于內(nèi)部不和諧，于1956年另一批信徒在同一條街不到五十米處成立新興教會(huì)。直到1962年在臺(tái)北中會(huì)的努力下，兩間教會(huì)復(fù)合并更名文山教會(huì)至今。同年4月22日重建新教堂即目前之舊堂。由于后來教徒增加，教堂無法容納，于是在1994年3月13日動(dòng)土興建新教堂，期間遇到重重阻礙，直到1998年4月12日才完成獻(xiàn)堂工作。 

在教會(huì)的對(duì)面正是木柵老街的起點(diǎn)頂?shù)辏唇袢臻_元街35號(hào)位置。為舊時(shí)來往商客必經(jīng)之地，現(xiàn)已變成一般店家，但斜斜的屋頂和木制窗框依稀可看出當(dāng)年繁華的景象。

注:當(dāng)時(shí)會(huì)友計(jì)有張迺鴻、張建孢、張進(jìn)來、張坤、張三旗、張迺省、張榜、張迺妙、張海水等九戶。