淡水為北臺灣基督長老教會發展的根據地，而功勞最大者首當加拿大長老教會馬偕牧師。馬偕博士于1872年3月9日抵達淡水后，就積極地展開傳教的工作。也學習閩南語和地方文化，而原租賃的房子，不但是作為醫院，也是傳教的地方。而在1873年為第一批信徒施洗，因無教堂，僅在租用住宅內進行。為了擴張宣教，經常率領學生到各地傳教，開設教會，交由學生主持。雖然經歷許多波折，卻能讓教會分布于整個北臺灣，而北部第一所教堂設于五股，淡水教堂則是后來由偕醫館醫師宿舍所改建的，現為縣定古跡。

1901年馬偕去世，教會進入了新的時代，由于實際及擴展需要，教堂于1915年改建為一所北美洲樣式，磚造白灰墻，俗稱白色禮拜堂，鐘樓設于正門上方。1928年因不敷使用，決定改建，興建經費除了由會友、學生和各友會奉獻外，其大部分由馬偕牧師兒子偕睿廉，向加拿大母會申請補助，且親自設計、督建。于1932年改建，至1933年9月3日完工。

淡水禮拜堂有著仿哥德式的尖塔，采用扶壁，柱頭以小帽尖裝飾，外墻以清水磚砌造，內部采用有鋼筋的RC柱及樓板，屋頂大跨距的鐵骨承拖住，再以木板作天花板，左邊是高聳的鐘塔。1986年屋頂因傳統屋瓦維修困難，故采用進口鋁質浪板全面翻修，也將傳統玻璃改為鑲鉗彩色玻璃，教堂正面有著圣父、圣子、圣靈三位一體，鐘樓則是五餅二魚及客西馬尼禱告的基督教義，而教堂已配合淡水風光，成為有名的觀光景點