1886年臺灣建省，劉銘傳基于海防、開發與運輸之需要，經于1887年向清廷奏準建設臺灣鐵路。1893年基隆-新竹鐵路竣工，新竹車站設立于枕頭山腳下。明治初期，日鐵道隊有鑒于清朝期間所建造的鐵路蜿蜒蛇行，開始修改舊有的路線，新竹車站于此時稱為新竹停車場，是一處簡易的木造車站。1908年新的鐵路通車，新的車站(新竹驛)于1913年完工，即今日所見新竹火車站。

新竹車站設計者是當初任職于總督府鐵道部的松崎萬長，建筑樣式融合了部分巴洛克建筑樣式的風味，加上陡斜，高聳的復折式屋頂與老虎窗，同時在柱體，墻壁轉角與開口部四周等結構應力集中的地方，加強石造的結實感，使得整體建筑物呈現繁複卻不失莊重，嚴肅卻又不失親和的建筑風味來。設計者的巧思，使火車站成為新竹的門戶與都市的地標。