針對大陸配偶在臺設籍后，因仍具有大陸戶籍，衍生出難以返鄉辦理戶籍注銷的問題。臺灣大陸事務主管部門“陸委會”發言人劉德勛昨表示，經“陸委會”委請海基會與大陸溝通后同意，現大陸配偶可在大陸31個直航口岸，直接辦理單次臺胞證入境。

據臺灣《聯合報》報道，大陸配偶戶籍注銷問題成因在于，大陸配偶是先取得臺灣戶籍、再回大陸注銷原戶籍。然在實務上，因其取得臺灣的定居許可證并進行戶籍登記后，當局會將其所持“大陸居民往來臺灣地區通行證”截角注銷。

已具臺灣籍身分大陸配偶因無法持通行證返鄉，只好改申請臺胞證。但因大陸戶籍尚未注銷，大陸公安部門依法無法核發臺胞證，遂造成部分大陸配偶無法入境大陸注銷戶籍。